結果発表 #今年読んだ一番好きな論文2018

というわけで、皆さまご参加いただきありがとうございました。審査員及び賞を支援してくださった皆さま、また投票してくださった皆さま、どうもありがとうございました!

 

運営も2年目ということですが、私が忙しく、だいぶ手抜きな運営になってしまいました。良いこと悪いことを反省しつつ、次もやりたいなあ、と思ってます。今回も運営を快諾いただいた@suimye さんに御礼申し上げます!

 

というわけで、特別賞および最優秀賞の発表です!審査員の方にお忙しい中書いていただいた講評もあるよ!

#受賞された皆様、賞品の発送について審査員の方にコンタクトをお願いいたします! 

 

特別賞

 

もう「滋賀といえば琵琶湖」と言わせないで賞

審査員: @nkjmu さん

@mksaijo さん「異性の前で格好つけたがる鳥のお話」

受賞理由「テンポの良い、良い意味で固すぎない紹介かつ、論文全体の網羅性、参考資料関連研究の紹介を加味。(nkjmが2015,2016でやってたノリ・コンセプトに近い?と勝手に評価。)」

 

そんなことよりビール飲もうぜ賞

審査員: @debugordie さん

@vinumregumさん 「枯草菌が臨界現象をつかって電気を流す話」

受賞理由「むかーし授業で神経細胞の膜電位のことをならってたいそう感動した日のことを思い出しました...!」

 

紙の本を読みなよ賞

審査員: @shimasho さん

@Blocchi_et_al さん 「酒を断ち、油をつくる~遺伝子改変と実験室内進化で実現する酵母の代謝改変~」

受賞理由「自作の図で著作権に配慮していること、ロジックがしっかりしていること」

 

microbeで賞

審査員: @Beer_yeast さん

@mito_0120 さん

「マウスの腸にも三年」

受賞理由「微生物関連ということ+モデル生物を使わない実験の苦労に+施設によって影響受けるなら腸内細菌の実験って再現性取れなくない?っという問題提唱に」

 

 

タチコマ賞

審査員: @antiplastics さん

@nullnuushi さん

「膜張力・膜曲率とCortical waveの話」

受賞理由「曲率感知という概念が新鮮だったので。 P.S. 学振の申請書の内容が先行研究に先を越されたとのことですが、自分もそんなことばっかりなので(ポスドク後5,6回は経験)、お気持ちお察しします。悔しいと思いますが、アプローチは間違ってなかったということだと思うので、着実に進めて行きましょう。」

 

MYCODE賞

審査員: @kubor_ さん+愉快な仲間たち

@krmy_soda さん「マイクロバブルと超音波を用いた記憶の制御」

受賞理由「異分野との融合による可能性を感じました!」

 

ウェットラボのドライ派賞

審査員: @mito_0120 さん

@youcitrus さん「土木とバイオの出会い」

受賞理由「コンクリートのウェット→ドライという性質が賞の名前に(予想していなかった形とはいえ)一致したため」

 

 

ブレイクする〜賞

審査員: @bachemis さん

@FenrirCappel さん 「酸素増大に伴う遺伝暗号の進化」

受賞理由「遺伝暗号の進化、新規アミノ酸の獲得は「生命のbreakthrough」と呼ぶに相応しい。」

 

 

お酒で水に流しま賞

審査員: @bachemis さん

@12ashk さん

「記憶を形成している細胞同士はつながっているのか?」

受賞理由「恐怖?嫌な記憶?そんなのお酒で水に流しま賞!そして、質の高い記事を書いた方の中で最も日本酒愛を感じた。」

 

佐賀を救うんじゃい!賞

審査員: @mito_0120 さん

@nougakuto_tetsu さん

「民族土壌学 〜社会科学と自然科学の間から〜」

受賞理由「隠し評価項目「アフリカ」を達成」

 

創薬ちゃん賞

審査員: @souyakuchan

@Pavane1899 さん

「Predicting Organic Reaction Outcomes with Weisfeiler-Lehman Network」

受賞理由「煽り力の高い問題提起を評価した」

 

 

最優秀賞に向けた投票結果ですが、惜しくも第3位・第2位だった方には僕から粗品を贈呈したいと思います。→送りました、ご確認お願いいたします。

 

第3位

@fukifuki さん 「あなたが『卒業したての医者でもこれぐらいはできるはず』と思うことはなんですか?」

 

第2位

@enuroi さん 

「RNAの配列が有害になる?」

 

そして最優秀賞は、1/4以上の票を集めてぶっちぎりの優勝となりました!

(31名の方々から投票いただきました。ありがとうございました。)

 

最優秀賞

@vinumregum さん

「枯草菌が臨界現象をつかって電気を流す話 」

 

です!おめでとうございます!

 

特別賞審査員の皆さま、参加賞を支援くださった@yamartenさん、最優秀賞を支援くださった@Kd_Gnさんにお礼申し上げて筆を置きたいと思います。

 

#大人版盛り上がらなかったので来年は頑張ります。(まだ記事を完成させていない...)

 

 

 

 

Jupyter Notebook でJuliaを使う(OSX Yosemite)

訳あって古いYosemiteにJuliaを入れていた。Jupyter NotebookでもJuliaを使うための方策。自己の備忘録。

 

1. Juliaがインストール済

2. Python等でJupyter Notebookが使える環境である

という前提があるので一般にはあまり役に立たないかも。

 

JuliaはVer. 1.0.1

 

簡単で、ほぼ3ステップ

A.

juliaのパスを通しておく。export PATH=/path/to/julia:$PATH

 

B. Juliaを起動して

import Pkg; Pkg.add("IJulia") (10分くらいかかった)

 

C. IJuliaがインポートできたらJuliaを立ち上げた状態のまま

using IJulia (初回は数分かかった)

notebook() 

でjupyter notebookが立ち上がる。notebook()であってnotebookではないことに注意。

次回以降はusing IJuliaしないとnotebookは通らないので注意(普通にコマンドプロンプトからjupyter notebookするので関係ないかも)

今年読んだ一番好きな論文2018 開催要項

今年読んだ一番好きな論文 アドベントカレンダー2018

 

 

実施要項

 

2018年に読んだ論文の中で、自分の中で一番インパクトのあった、面白かった論文をアドベントカレンダーに登録した日(12/1-12/25)に紹介してもらうプロジェクト

 

目的: 大学院生を勇気づけること

 

開催ページ

adventar.org

 

 

 

:決定次第随時更新していきます

最優秀賞 (アンケートによる人気紹介記事の投票)

20000円分(ギフト券か現金か等、形式は応相談) (@Kd_Gn さんによるご支援)

 

投票受け付け中!

#今年読んだ一番好きな論文2018

 

 

特別賞(審査員賞)(審査員による選出・賞品の選定、括弧内は審査員)

もう「滋賀といえば琵琶湖」とは言わせないで賞(@nkjmu さん):滋賀県名産品セット(受賞者がお酒飲めるかどうかで応相談だが、近江牛+日本酒あたりを考慮中)

そんなことよりビール飲もうぜ賞(@debugordie さん):ビール(お酒飲めない方は謎のお菓子詰め合わせ)

紙の本を読みなよ賞(@shimasho さん):ジュンク堂・丸善で使えるギフトカード(honto.jpで電子書籍でもいいよ)5250円分

microbeで賞 (@Beer_yeast さん):giant microbeのぬいぐるみか何か

タチコマ賞 (@antiplastics さん):お米+明太子

MYCODE賞fromソーシャル創薬美少女と愉快な仲間達(@kubor_ さん+愉快な仲間達):MYCODE ヘルスケア 

ヘルスケア | 遺伝子検査・DNA検査のMYCODE(マイコード)

ウェットラボのドライ派賞(@mito_0120 さん) 水分活性が低い食品ギフト (乾燥ソーセージかチーズの詰め合わせを検討中、アレルギー等要相談)

ブレイクする〜賞(@bachemis さん) フォートナム&メイソンの紅茶 or スタバのコーヒー豆

創薬ちゃん賞 (@souyakuchan さん) 賞品未定 

お酒で水に流しま賞(@bachemis さん) 日本酒 お酒飲める人限定 

佐賀を救うんじゃいっ!賞(@mito_0120 さん) 佐賀県産食料品 (日本酒・いかしゅうまい等検討中)

 

参加賞 賞をもらえなかった人にも、500円分のアマゾンギフト券 (@yamarten さんによるご支援)

 

なお、審査委員には審査員特設ページにて、選考過程を共有 (google spreadsheet)して行きたいと考えています。

 

賞を支援してくださる方、募集しています。@kebabfiesta まで。

 

  • 期間: 12/1-12/25 (期間内で1日1名の登録が可能、定員25名)
  • 募集人数:先着25名まで。
  • 終了日時: 12/26 0:00
  • 人気投票期間: 12/26-12/31 24:00
  • ランキング発表ならびに表彰: 1/1 (予定)
  • 期間中の情報ハッシュタグ #今年読んだ一番好きな論文2018

 

応募資格

 

  • 大学に在籍する学生の方々(年齢、性別、twitter上での生物種を問わない。学振DC、社会人学生も可)(一昨年と異なり学部生でも可としました)
  • Twitterアカウント(鍵付きはお控えいただければ幸いです)、連絡をとれるメールアドレス、論文紹介できるメディアを利用できること (例えば、各種blogやSlide shareなどのスライド共有環境、google docs、qiitaなど、各自紹介するメディアは自由に工夫してください)。

 

応募者ルール

 

  • 募集期間にアドベントカレンダーに紹介日を登録し、紹介の日にアドベントカレンダーと、紹介記事のリンクを公開してください。
    • Twitterアカウントで、アドベントカレンダーへログイン
    • 今年読んだ一番好きな論文2018のアドベントカレンダーのページへ
    • 紹介する日を選び、登録する
    • 登録日当日に、アドベントカレンダーへログインして、論文の紹介記事へのリンクとタイトルをコメント欄に記載して、公開
    • Twitterのハッシュタグを利用して、紹介記事へのリンクとタイトルを告知してください (#今年読んだ一番好きな論文2018
  • 紹介する論文は、2000-2018年に出版 (published date) されたものとさせていただきます。
  • 紹介する論文の分野(文学、工学、医療など)、種類(査読付きか否か、プレプリントなど)は問いません。
  • 既に日本語の他のメディアで紹介された記事で論文紹介することはお控えください (実験医学、ライフサイエンス新着レビューなど)
  • 論文から図表をblogへ引用する場合は、図表を改変するなどして著作権法に觝触しないようにしてください。また、これまでの傾向からも、図示による分かりやすい解説が人気をあつめますのでオススメいたします。
  • 受賞者は、発表後に@kebabfiestaからDMをさせていただきます。従いまして、@kebabfiestaをフォローしていただきますようお願いいたします。賞品は、個人情報の取得をできるだけ回避するために、基本的にはご自宅ではなく研究室宛に送らせていただこうと考えておりますが、前回の実績ではご自宅を希望された方も多くいらっしゃいました

 

 

 

前回開催時の要項

festakebab.hatenadiary.com

 

 

追加募集

 

今年読んだ一番好きな論文2018: 大人版

 

学生だけじゃつまんないじゃないですか

大人の、大人による、大人のための今年読んだ一番面白い論文

 

参加資格 学生でない人

応募者ルール 上と同じ

 

:優秀賞のみでよいかな ゆるくやりたいです

 

Adventarリンク: 

adventar.org

後記:#今年読んだ一番好きな論文2017

というわけで、皆さま今年読んだ一番好きな論文2017に参加いただきありがとうございました!

 

https://adventar.org/calendars/2468

 

論文紹介どれも楽しく読みました。ありがとうございます。

 

発案者かつ去年まで主催者のかえるさんの代打という形でしたが、運営できてとても良かったと思います。

 

色々と思ったことを書いておきます。

 

この企画は素晴らしい

 

基本的には前回の企画をなるべく踏襲して、2017年のものも運営させていただきましたが、とても楽しいものとなりました。学生を応援したいという目標もたくさんの審査員の方のご支援で達成できました。ありがとうございます。

 

ガクモンは楽しくやりたい

 

私は正直に言って「研究はほとんどの場面でめっちゃつらい」と思っています。失敗が当たり前の世界で、昨今の事情から特に日本国内では目先の成果を求められ、かつ院生に限っては研究のみでお金を得るのも簡単ではない、という事実があります。国外に活路を求める若手研究者の方も増えているように思いますが、さもありなんと思っています。

 

でも研究は楽しくやりたいし、できれば他の学生のみなさんもそうであって欲しい、と強く願っています。そうは言っても私も人間、忙しい研究生活の日々で、そういう感情を忘れてしまうことも多々あります。

 

しかしながら、師走で忙しい中たくさんの参加者の皆さんの記事を読んで、やはり研究というのは楽しい、新しく知識を得ることは楽しい、新しい謎に直面するのは楽しい、という思いを強くしました。そういう気持ちの再確認をできて、この企画をやって良かったなと思います。

 

運営は楽してやりたい

 

この企画を長く続けたいので、運営で楽をしたいな、と思いつつやりました。かえるさんにアドバイスいただき、ルールやフォーマットも前年のものをほぼ踏襲しました。発表方法はツイッターでつぶやくのみにしました。

 

逆に参加者の皆さんに負担をかけてしまったかな?と思うフシもありますので、そこは次回できれば修正したいなと思います。(そもそも来年私が運営できるかわかりませんが…)

 

前回のノウハウがなければこの企画を最後までやり通せなかったと思っています。この場を借りてかえるさんにお礼を申し上げます。どうもありがとうございました。

 

分野が幅広くてよかった

 

分野が偏らない方がいいな、と思ってやりましたが、思ったよりもばらけたように思っています。大きな枠組みでは生物関連が参加者の方も審査員の方も多いような気がしましたが、もとの研究人口という母数から考えれば自然なように思えます。(ここらへん読者の分野を把握するため、投票フォームに投票者の分野を書いて貰えばよかったな、と思いました。)

 

記事を書くにあたって、読者の知識の前提条件を何として紹介記事を書くか、とても難しくて重要なファクターだと感じました。

 

次回もできたらいいな

 

2018年も(かえるさんが難しい場合は)運営やりたいな、と思っています(私が忙しいという可能性も大ですが…)。今回参加者の方は参加あるいはご支援、今回ご支援いただいた方は次回もご支援いただければ幸いです。どうぞよろしくお願いします!(大人版もやったら盛り上がるかな?ご意見下さい。)

今年読んだ一番好きな論文2017 開催要項

今年読んだ一番好きな論文_アドベントカレンダー2017

実施要項

 

2017年に読んだ論文の中で、自分の中で一番インパクトのあった、面白かった論文をアドベントカレンダーに登録した日(12/1-12/25)に紹介してもらうプロジェクト

 

目的: 大学院生を勇気づけること

 

開催ページ: https://adventar.org/calendars/2468

 

  1. 最優秀賞 (アンケートによる人気紹介記事の投票)
    商品: amazonギフト券(二万円分・予定)
    • 支援者: @Lizreel_spindle さん
    • 最優秀賞を支援したい方も絶賛募集しています。@kebabfiestaまでご連絡ください
  2. 特別賞(審査員による選出、括弧内は審査員の方々)

なお、審査委員には審査員特設ページにて、選考過程を共有 (google spreadsheet)して行きたいと考えています。

  • 創薬ちゃん賞 (@souyakuchan さん): プロテイン 1 kg
  • 俺のソース賞 (@OrenoSource さん: http://oreno-source.hatenablog.com) ソース各種詰め合わせ
  • えだまめなのにみかんで賞(@edamame0811 さん)蒲郡みかん🍊(5kg、ただし収穫が済み次第の発送)
  • 高山奨励賞 (@Lizreel_spindle さん)  amazonギフト券1万円分+@Lizreel_spindleさんの著書
  • ブレイクする〜賞 (@bachemis さん) 高級なお茶or紅茶orコーヒー(選択制)
  • タチコマ賞 (@antiplastic さん) お米+イクラ
  • ソーシャル創薬美少女賞 (@kubor_ さん)MYCODE:ヘルスケアhttps://mycode.jp/plans/health-care.html
  • 麦酒酵母賞 (@Beer_yeast さん) 麦酒または発酵食品、ノンアルコール飲料
  • ハッピードリームホリデー賞 (@Kd_Gn さん) 東京ディズニーリゾート・ギフトパスポート(1デイ)・ペア
  • 寿司賞(@torusengoku さん) 以下から選択。2を選んだ場合一部を寿司に使うことを推奨。1.全国共通すし券 2.VISAギフトカード
  • 実験好学賞(@girlsjamboree さん) 大晦日のコミケで頒布予定の実験好学vol.5+vol.1-4の総集編本 さらに、次のうちから好きなもの一つ<レッドブル72本・チーズ詰め合わせ・「咲-saki-」コミックス既刊分全冊>
  • そんなことよりƱ”-ʓ飲もうぜ賞(@debugordie さん)オリオンビール一箱

  • インスタントうみうし賞 カップヌードル一箱(@TaromaedaMaedat さん 12/2以降にエントリーした人対象!どしどし飛び入り参加してください!)
  • ケモインフォマティクスの若い奴らが幻の近畿大学産クエの入手を試みるのでうまく手に入ったらお贈りするで賞 (by ケモインフォマティクスの若い奴ら一同)
  • サイエンスライター賞 (@shimasho さん) ジュンク堂かhonto.jpで使えるホントポイント5000円分
  • 賞を支援してもいいよ、という審査員の方募集しています。

 

  • カエル記念参加賞 (1000円程度の図書券を検討中)
    特別賞・最優秀賞が取れなくても参加賞あり!
    前主催者のかえる (@suimye)さんが支援してくださいます!

 

  • 期間: 12/1-12/25 (期間内で1日1名の登録が可能、定員25名)
  • 募集人数:先着25名まで。
  • 終了日時: 12/26 0:00
  • 人気投票期間: 12/26-12/29 0:00
  • ランキング発表ならびに表彰: 12/29 23:00
  • 期間中の情報ハッシュタグ #今年読んだ一番好きな論文2017



応募資格

 

  • 大学に在籍する学生の方々(年齢、性別、twitter上での生物種を問わない。学振DC、社会人学生も可)(昨年と異なり学部生でも可としました)
  • Twitterアカウント(鍵付きはお控えいただければ幸いです)、連絡をとれるメールアドレス、論文紹介できるメディアを利用できること (例えば、各種blogやSlide shareなどのスライド共有環境、google docs、qiitaなど、各自紹介するメディアは自由に工夫してください)。

 

応募者ルール

 

  • 募集期間にアドベントカレンダーに紹介日を登録し、紹介の日にアドベントカレンダーと、紹介記事のリンクを公開してください。
    • Twitterアカウントで、アドベントカレンダーへログイン
    • 今年読んだ一番好きな論文2017のアドベントカレンダーのページへ
    • 紹介する日を選び、登録する
    • 登録日当日に、アドベントカレンダーへログインして、論文の紹介記事へのリンクとタイトルをコメント欄に記載して、公開
    • Twitterのハッシュタグを利用して、紹介記事へのリンクとタイトルを告知してください (#今年読んだ一番好きな論文2017
  • 紹介する論文は、2000-2017年に出版 (published date) されたものとさせていただきます。
  • 紹介する論文の分野(文学、工学、医療など)、種類(査読付きか否か、プレプリントなど)は問いません
  • 既に日本語の他のメディアで紹介された記事で論文紹介することはお控えください (実験医学、ライフサイエンス新着レビューなど)
  • 論文から図表をblogへ引用する場合は、図表を改変するなどして著作権法に觝触しないようにしてください。また、これまでの傾向からも、図示による分かりやすい解説が人気をあつめますのでオススメいたします。
  • 受賞者は、発表後に@kebabfiestaからDMをさせていただきます従いまして、@kebabfiestaをフォローしていただきますようお願いいたします。賞品は、個人情報の取得をできるだけ回避するために、基本的にはご自宅ではなく研究室宛に送らせていただこうと考えておりますが、前回の実績ではご自宅を希望された方も多くいらっしゃいました。

冷たく,厳しい事実 #今年読んだ一番ショックな論文

というわけで,選考外ですがカレンダーが空いていたのでこの記事を書いてみます.

 

宇宙物理学者が長らく用いていた仮定が間違いであったことが示されたこの論文です.

 

Statistical ortho-to-para ratio of water desorbed from ice at 10 kelvin | Science

 

ショッキング過ぎたので,英語で記事にもなっています.

phys.org

 

宇宙はみなさんご存知の通り低温なので,星間物質や彗星などにある水は氷として存在する.氷の核スピン異性体のオルソ・パラ比は,その氷の生成時の温度を反映していると長らく信じられ,観測した天体や星間物質の化学的歴史を反映しているとされてきた.これを元に現在まで宇宙観測結果の解釈・議論が進められてきた.しかしながらこれは間違いだよ,というのを指摘したのが本論文である.

 

 

1.背景

 

水のオルソ・パラ比(OPR)は常温ならば3を示すが,彗星の尾などのOPRは2-3を示していたことから,宇宙屋さんはこれが氷形成時のスピン温度の手がかりと考えていた.典型的な値2.5はスピン温度が30 Kに相当し,これが46億年前の彗星形成時の温度を示すと考えられてきた.その他の天体からもOPRが3以下のものが見つかっていた.いろいろな天体に関してこういった観測がなされてきたが,このOPRとスピン温度の関係を立証する実験はなかった.

 

2.手法・結果

 

この論文の著者らは実験室において10 Kで生成した氷から光脱離した水分子のOPRを測定した.REMPI(Resonance-Enhanced Multi-Photon Ionization)という手法を用いて得られたスペクトルをスピン温度200 K( OPR = 3 )とスピン温度10 K( OPR = 0.3 )のそれぞれの条件において計算したスペクトルと比較したところ,前者のOPR=3のものと一致した.すなわち,10 Kで作った氷からでもOPRは3であり,生成時の温度を反映していない,という結果が出たということだ.

 

氷から脱離する際に分子が一回離れてまたくっつくなどすると分子は元のOPRを忘れてしまうが,そういうことはない事が著者の脱離メカニズムの研究からわかっている."kick out"と呼ばれるもので光が一旦氷のHだけを勢い良く乖離させ,そのHが他のH2O分子を蹴り出す,という仕組みだ.

 

そもそも氷の状態では水素結合によって分子は回転を自由に行うことができない.スピン温度の議論なども回転エネルギーなどの取り扱いをガス状態と同じではいけない.こういった仮定の危うさも論文では指摘されている.

 

3. まとめ

 

OPRから氷生成時の温度を求める,という手法自体が正しくないということがこの実験から示唆された.これは他の実験の再解釈を迫るとともに,数々の天体から3より低いOPRが観測されている理由について再考を求めるものである.謎が謎を呼んでいる状態だ.氷ではなくガス状態の水分子の寄与などが指摘されている.個人的にはこの分野の今後の動向がとても楽しみである.